JR Fernbusse und Busse privater Gesellschaften, die zu privaten Eisenbahnlinien gehören (z.B. Kintetsu, s.u.) fahren meist von einem wohlorganisierten Busterminal am jeweiligen Bahnhof ab, Discount-Busgesellschaften von Seitenstraßen oder Parkplätzen in Bahnhofsnähe. Tokyo hat einen großen neuen Busbahnhof in Shinjuku, der von fast allen Gesellschaften genutzt wird; je nach Ziel fahren auch Busse ab Tokyo Hauptbahnhof.
Willer-Express
Die Privatbus-Linie mit dem größten Streckennetz und den günstigsten Angeboten ist Willer-Express. Neben unschlagbaren Schnäppchen sind auch Buspässe für 3, 5 oder 7 Tage im Angebot. Englischsprachig sind Buchungen auch über das Internet möglich unter http://willerexpress.com bzw. http://japanbuslines.com.
JR-Highway Bus
Auch die staatliche Eisenbahngesellschaft betreibt ein eigenes Fernbusnetz. Die JR-Busse sind in der Regel geringfügig teurer, dafür auch etwas bequemer und sie bedienen auch kleinere Städte und Orte. Online-Buchungen auf Englisch sind möglich unter www.kousokubus.net/JpnBus/en oder über www.jrbuskanto.co.jp.e.wn.hp.transer.com.
Weitere Gesellschaften
Eine der kostengünstigsten Firmen speziell für die Strecke von Tokyo nach Kyoto/ Osaka/ Kobe und für Fahrten in der Kansai-Region ist Kintetsu Bus. Reservierungen auf Englisch unter www.kintetsu-bus.co.jp/en. Eine weitere Discount-Busgesellschaft, die ebenfalls Ziele in ganz Japan bedient, ist Orion-Bus, die Webseite ist allerdings nur auf Japanisch: www.orion-tourbus.jp.