Neben der JR-Gruppe (Japan Railways) gibt es zahlreiche lokale, private Bahngesellschaften, die zusätzliche Bahnlinien unterhalten.
Diese privaten Bahnlinien sind in erster Linie für Pendler eingerichtet und verbinden die Wohngebiete in den Vororten mit dem Stadtzentrum. Für Besucher aus dem Ausland sind vor allem die Privatbahnen interessant, die in beliebte Ausflugsorte, wie z.B. Hakone, Nikko oder Toba, führen.
*Wichtige Zuggesellschaften in Tokyo und Umgebung
| Praktische Verbindung nach | Railway | URL |
| Praktische Verbindung nach Hakone: | Odakyu Electric Railway | http://www.odakyu.jp |
| Praktische Verbindung nach Nikko: | Tobu Railway | http://www.tobu.co.jp |
| Praktische Verbindung zum Tokyo New International Airport in Narita | Keisei Electric Railway | http://www.keisei.co.jp |
| Praktische Verbindung zum Tokyo International Airport in Haneda | Keikyu Corporation | http://www.keikyu.co.jp |
| Praktische U-Bahnlinie ins Zentrum Tokyos | Tokyo Metro | http://www.tokyometro.jp |
Einen Überlick über das Bahnnetz der Tokyoter U-Bahn Tokyo Metro finden sie hier .
*Wichtige Zuggesellschaften in Osaka und Umgebung
| Praktische Verbindung nach | Railway | URL |
| Praktische Verbindung nach Nara: | Kintetsu Railways / Kinki Nippon Railway | http://www.kintetsu.co.jp |
| Praktische Verbindung nach Kyoto: | Keihan Railways | -- |
| Praktische Verbindung nach Kobe: | Hankyu Electric Railways | -- |
| Praktische Verbindung zum Kansai International Airport bei Osaka: | Nankai Electric Railways | -- |